海汉舰队，目前的驻地就是在公港以南的这大海湾之中。

不过要在澎湖建设一个符合海汉海军要求的军港，所需行的工作还非常多。由于海汉战船的特殊结构和制造工艺，在海外港行维护维修的难度是比较大的。而一个综合的军港除了能够停靠舰队，行补给之外，还需要有专门的船坞、吊装工和船舶技术团队才行。而这类专业设施的建设速度就要比商栈库房之类的民用设施慢多了，没个一两年的时间很难完成。海汉在中南半岛沿岸划的金兰湾军港从开发至今已经有两年多时间，到目前也只是完成了一期工程，能够对“探险级”的战船行维修维护，至于更大的“威严级”战舰，目前也仅有胜利港造船厂才能行后续的维修维护。

因此军方虽然已经对澎湖的军事用途有了比较明确的规划，但要实施起来还是会受到诸多客观条件的限制。不过好消息是执委会在年初对宁崎等人提的移民方案行审议之后，已经决定将澎湖作为1632年海外重建设港。

历史上的1632年在山东、山西两省爆发了极为严重的，大明境会现大量的战争难民，宁崎曾提过设法从北方地区引难民来充实海南岛发展所需的劳动力。虽然海汉自并不备直接到北方去纳难民的能力，但执委会认为这个方案还是有一定的可行，施耐德也提了用工业品换人的作计划。

不过这个计划要得到实施，澎湖肯定就会在未来一段时期成为南难民的海上中转站。这个作用就相当于当初在广州李家庄设立移民中转站一样，将大量难民在此集结、甄别，完成初步的筛选之后，再组织他们移民到海汉治的各地区定居，重新开始生活。北方难民如果能在澎湖这里行休整，那么对他们适应南方气候环境，保证移民的存活率都会起到一定的作用。

而要完成这样的转运任务，海上运力和本地的港接纳能力都将经受很大的考验。公港作为商港问题不大，但要纳移民、屯驻海军，就还需要在本地另行建设港码。

5月5日，见大势已定，海汉民团开始逐步撤离澎湖。石迪文的舰队首先发，护送一个营的陆军踏上了返回三亚的航程。一天之后罗杰的舰队也离港发，与其同行的是这次特地从海南岛各地集中起来的炮兵营。不过炮兵营这次并没有在澎湖战役中捞到什么油，上岛之后本就没有再爆发过大规模的火，炮兵们只是在攻打几据的时候场刷了一存在，所获得的战功远远不及海军的同行。

5月9日，颜楚杰和王汤姆也率离开了澎湖返回三亚。与其一同南的除了民团陆军之外，还有福建军方派往三亚接受为期三个月军训的新一批基层军官，同时这也是许心素与海汉合作以来派的第六批留学军官。