除了海防薄弱，台湾守军的素质和训练也较为低。用刘铭传的话说，即兵将贪，营务废弛；装备落后，武杂；训练形同虚设，“虚名空额”，随可见。更为严重的是，台湾烟瘴之地，染烟勇丁几达半数以上，致使战斗力明显降。

面对如此险境，刘铭传因地制宜，一边整军备战，修筑炮台、工事，一边激励民众，凝聚人心，动员各方力量。他呼吁全岛各界，有钱的钱，有力的力。考虑到台湾兵力不足，他还发动民众，在全岛组织乡勇团练，以合守军作战。为了凝聚人心，提战斗力，他还设法消弭湘军、淮军之间的矛盾，调动一切积极，打退了法军多次攻。尤其沪尾大捷，清军奏凯歌，大获全胜。时人有诗赞曰：“黑海涛雄一剑寒，北风断鼓帆”；“一战功成收沪尾，三军血涌饮楼兰。”就连在场观战的英、驻淡领事也给予度评价，认为“只有在台湾的中国军队才能够一比一地持与法国人战，这大分应归功于刘铭传明的准备和几位淮军军官的指挥才”。

沪尾之战的胜利，对刘铭传来说意义重大。此战不仅粉碎了法军的攻，而且迫使法军彻底打消了犯沪尾的图谋。更为重要的是，此战过后，法军的攻势被遏制，中法军队开始了一期的相持和拉锯状态。这消耗战对于法军来说，显然不利。因此，有人评价沪尾大捷是有转折的决定一战，它彻底扭转了台湾的战局。

10月28日，即沪尾大捷之后二十天，朝廷达谕旨，正式任命刘铭传为福建巡抚。消息传后，《申报》立即发表评论表示祝贺，认为这是“国家之福，天苍生之福”；甚至认为朝廷如能早一发任命，尾惨剧亦可避免，“则闽江军备不至糜烂，而今日全台即可通他省之接济，而不绝本省之救援矣”。评价之、期许之厚都达到了空前度。

中法战争结束后，台湾的重要日益凸显。战后，朝中大员一致认为台湾建省，势在必行。公元1885年10月12日，醇亲王奕譞、礼亲王世铎、庆郡王奕劻和北洋大臣李鸿章等十六人联名上奏，提以福建巡抚改为台湾巡抚，“以责专成，似属相宜”。这一奏请当天便得到批准。

太后懿旨云：“台湾为南洋门，关系要，自应因时变通，以资控制。着将福建巡抚改为台湾巡抚，常川驻扎。福建巡抚事，即着闽浙总督兼。所有一切改设事宜，该督抚详细筹议，奏明办理。”

这是一个历史的决定。对台湾来说，意义重大。但是，刘铭传一开始对这一决定并不赞成。他认为，台湾建省的条件并不成熟，困难太多。首先，台湾一旦建省，将失去福建接济，于台湾发展不利。其次，台湾“番民”尚未归化，开发程度较低，这也是建省的一大难题。因此，接到建省谕旨后，他便上了一《台湾暂难改省折》，建议台湾暂缓改省，“从容筹办”。尽刘铭传的建议符合实际，有一定的合理成分，然而，清廷并未采纳他的主张。光绪十一年（1885年）十二月十二日，朝廷驳回刘铭传的上疏。谕云：“刘铭传所请从缓改设巡抚，著毋庸议。”于是，台湾正式从福建划，成为中国的第二十个行省，而刘铭传也成了台湾首任巡抚。

虽然刘铭传暂缓建省的主张并未得到批准，但台湾一旦建省之后，作为一省巡抚，他便全心地投。与此同时，台湾建省之初，清廷度重视，表示全力支持，这也给了刘铭传很大的信心。早在1884年6月，刘铭传奉诏山，京觐见太后时，就上过一奏折，提海防十条，容包括办防、募勇、练兵、改革、培养人才等容。他当时就对台湾的建设有一个清晰的设想。建省之后，他在这十条的基础上拿一个十六条建省方案。这一方案十分全面，包括军事、社会、经济、通和教育等各个方面。这是一个庞大的计划。刘铭传雄心，计划用十年时间大一场，彻底改变台湾的面貌。

台湾的军事落后，刘铭传有切肤之痛。早在刚到台湾不久，他便着手大力整顿军务。中法战争结束后，更是腾手来，对队行全面改造。他接了全驻台队，包括刘璈的湘军，对不合格的官兵行减、淘汰。在此基础上，编练兵三十五营，练军三营。全改换新式洋枪，聘请外国教官行训练。为了补充兵员，他还不断从家乡合招募兵勇，加上他原先带来台湾的淮勇，淮军人数一度增至十几营。在他的编练之，三年后全台总兵力达到四十三营，两万两千人。

在军事布防上，刘铭传一直认为日本是我国最大的威胁。因此，他将台湾的防务重放在台北一带，署了全台近半数以上兵力。他还在重要海，如基隆、沪尾、澎湖、安平、旗后修筑十座炮台，购置西式的钢炮三十一门，并备沉雷、碰雷等，与炮台相互呼应。他还设立机局、军械所、火药局、雷局，以及机厂、汽炉房、打铁房等，自制枪支弹药。

在治理军务的同时，刘铭传还大力整顿吏治，打击贪官污吏和豪劣绅。第一个被他拉的就是台湾兵备刘璈。

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