”，“以致民、土匪乘机作”；彰化等地由于摊派严重，导致“一乡尽逃，台南尤胜”。还有人指责他在抚番上之过急，措置失当，以致民心未协，不断激起番变。刘铭传开设招商局，买了两艘船，也被批评为赔累甚大。总之，对他的攻击无不在。

光绪十四年(1888年)12月13日，朝廷将言官的谤书(检举信)抄转给刘铭传阅看。这实际上就是一个警告。尽朝廷的语气尚属平和，认为“刘铭传自简任台湾巡抚以来，办事尚为得力”，但同时又说“参折所陈，均不为无因”，要求刘铭传接受朝廷的训诫，对照问题，“平心省察，据实复奏”。

清廷这么自然是为了敲打他，其潜台词也显而易见，那就是：你的问题朝廷已经掌握了，你可得小心了!

这对刘铭传来说，当然不是一个好兆。光绪十五年（1889年）正月，光绪皇帝亲政。围绕慈禧归政，帝党和后党的矛盾日渐凸显。在年轻的皇帝看来，淮系和刘铭传都是后党一派，对他颇多戒心。

这样一来，刘铭传的日越来越不好过了。最让他痛心的是，他的办防计划也遭到阻挠，无法实现。在刘铭传诸多新政中，办防始终是第一位的。因为中法战争给他太多的教训。由于海防薄弱，“一有兵争，仓皇束手”。他多次上书，呼吁清廷加大海防投，他还希望能够为台湾建立一支海军。可是，他的这些希望均一一落空。光绪十三年（1887年）八月，尚书翁同龢上书朝廷，以国库空虚、救灾需要为由，请求停购外洋枪炮、船只、械，同时炮台建设也一律暂行停止。这谕旨一，刘铭传大失望，他的海防梦也由此破灭了，不禁喟然叹息：“人方惎我，我乃自抉藩篱，亡无日矣。”

这件事对刘铭传来说打击很大。他的心彻底寒了。他不想再了，也实在不动了。而他的每况愈也是实。作为一个久经沙场的老将，早在与太平军作战时，他的就受过严重的枪伤，并患有病，几近目盲。赴台之后，日理万机，劳心费神，加上染瘴、痢疾等多疾病，经常手足麻木，咯血不止，寒并增，吐泻俱作。此外，他的疾也一步加重，左已瞎，右昏，“咫尺不辨人形”。耳病也很严重，左耳已废，右耳“尚赖保全”，但却听力低。用他自己的话说，便是“亏外，气血难通，补泻两穷，群医束手”。

光绪十七年（1891年）四月二十八日，在朝廷批准他辞官二十多天后，刘铭传乘船离开台湾返回家乡。

茫茫大海，波涛汹涌。刘铭传走了，带着一伤病和未实现的梦想，带着一腔血和未酬的壮志。他只而来，孑然一而去。临走时没有带走一，甚至把自己的养廉银和历次因战功而获得的朝廷赏银，全捐，用于修建学堂，培养台湾的孩。他最后能的也只有这些了。

刘铭传离任后，台湾新政便陷了全面停顿。因为接任他的邵友濂不仅才学平庸，而且思想保守。他一上任便对刘铭传全盘否定，诸多革新均被一笔勾销。一时间，“新政尽废”，满目凋零。这倒退令人痛心，它导致了台湾近代化几乎全中断，发展也陷停滞。特别是海防建设的中止，无疑是自毁城。梁启超先生有诗云：“轩车一去留不得，藤蔓啼莺空复”；“城已坏他岂惜，雨抛锁甲苔卧枪。”其悲切、惋惜之溢于言表。

三年后，中日甲午战争爆发。由于局势张，清廷又一次想到了刘铭传。慈禧太后懿旨，撤销对刘铭传的分，恢复其职务。不久，又令其迅速北上，京陛见。

可是，一切都晚了。此时，刘铭传已经病缠，数疾并发，连行动都已相当困难。李鸿章不得不据实上禀，说他因病无法应召，是否另调大臣统兵。但朝廷似乎并不相信，又连电其复。光绪二十年（1894年）九月初七日的电谕云：

现在军事日棘，统帅乏人。该巡抚受国厚恩，当此边防危急之时，岂得置事外？着李鸿章再行传谕刘铭传。于接奉此旨后，即行起程来京陛见。该巡抚忠勇素著，谅不至藉词诿卸，视国事如秦越也。仍将这旨起程日期，先行电闻。