事在以后很时间里，成了他的一块心病。他在不同场合里反复为自己辩解，而且每一次的说法都有，据说他还修改过他的日记。这样的目的是想把自己从耻辱中解脱来，结果适得其反，越抹越黑。

光绪二十五年（1899年），在荣禄的保荐，袁世凯升任山东巡抚。这个结果与他戊戌告密，获得荣禄信任不无关系。几个月后，庚事变发生了，八国联军打中国，驻扎在京津一带的清军主力尽数崩溃。荣禄统领的亲兵被消灭，聂士成战死，董福祥溃败，玉昆和姜桂题的队也溃不成军。这时候，偏安山东的袁世凯却因祸得福。由于远离战场，他统领的北洋陆军得以完整保存，转间便一跃成为清帝国的“第一武装”。

庚事变的次年，光绪二十七年（1901年）十月，袁世凯再次荣升，当上了直隶总督。在此期间，他一再扩军，把原先仅有七千余人的北洋新军先后扩建成六个镇，号称“北洋六镇”。袁世凯的权力越来越大，地位也越来越显赫。到了光绪末年，他除了直隶总督这个显要的职务外，还兼差八项：参预政务大臣、督办山海关外铁路大臣、政务大臣、北洋通商大臣、督办天津至镇江铁路大臣、督办电政大臣、会办练兵大臣和督办商务大臣。号称“八大臣”，其炙手可，已无人可比。

随着地位的显赫，危机也越来越大。由于袁世凯的势力增，已经打破了朝中各方势力的均衡，甚至威胁到亲贵的利益。于是，各方群起而攻。言官章纠弹，接连不断。御史王乃征在弹劾奏章中指：袁氏大权在握，举国兵权集于一，权力已超越和兵，“既历史所未有，亦五洲所不闻”；“其爪牙布于肘腋，腹心置于朝列”，又有庆亲王从中援手，“枝重有本之嫌，尾大呈不掉之势”。大名鼎鼎的梁鼎芬更是措辞激烈，在弹章数落袁世凯“权谋迈众，城府阻，能谄人又能用人，自得奕劻之助，其权威为我朝二百年满汉疆臣所未有，引用私党，布满要津”。最后他还表示，拼死也要弹倒袁氏，自己“但有一日之官，即尽一日之心，言尽有泪，泪尽有血。奕劻、袁世凯若不悛，臣当随时奏劾，以报天恩”。这一来，终于把慈禧这个本来就疑心甚重的女人也得疑神疑鬼起来。

《遐庵遗稿》记，有一次西太后召见袁世凯，问他新官制为何迟迟未定，袁回答说各方阻力甚大。太后说：“这怕什么？你有的是兵，不会杀他们吗？”袁世凯听了这话，顿时吓得汗浃背。这些虽系小事，但从中可见慈禧太后已对袁世凯有所猜忌。尽从表面上看，袁世凯那段日尊已极，风光无限，但不胜寒，他已到危机四伏，如履薄冰。

光绪三十三年（1907年）七月，一谕旨将袁世凯调军机。军机是清代最权力机构，汉人能到军机大臣便是登峰造极，但袁世凯心里并不兴，因为官虽升了，实权却没有了，尤其是他苦心孤诣经营多年的北洋军队也被迫了去。然而，这还不算是最坏的结果。光绪三十四年（1908年）秋，光绪帝和西太后先后驾崩，于是，一场真正的噩运终于降临到了他的上。

公元1908年12月2日，宣统皇帝溥仪登基后，除掉袁世凯的计划便在暗中行起来。关于这段历史的记载，各传闻和说法很多，虽然基本事实大致相同，但细节上很大。

袁世凯被罢是在公元1909年1月2日。铁良（时任陆军尚书）之穆瀛回忆说，他听他父亲讲，那天讨论办袁时，隆裕太后单独召见军机领班奕劻，当时摄政王载沣在一边。奕劻后，太后拿先帝手敕，要求严办袁世凯。庆王伏地不语，太后发火：“你不说话，是何意？”奕劻赶奏：“请召汉大臣议。”接着又说：“张之在值未退。”

太后很不兴，便斥退庆王，把张之召了上来。张之向与袁氏不和，太后本以为他会同意办袁，没想到张之并没这样，反倒主张幼主刚刚登基，时局艰难，此时诛杀前朝重臣，恐不利于社稷，不如改为驱逐京。太后默许，遂有袁世凯回籍养疴之谕。

穆瀛回忆中提到的那份“先帝手敕”，据说是光绪皇帝临终前留的密诏。他在驾崩前一天晚上给隆裕太后，隆裕一直藏在上，秘而不宣，直到宣统登基后才拿来给摄政王。据说这份密诏约三百字，开是“朕醇贤亲王之也，后有袁世凯罪恶昭著，擢发难数，即应斩决”云云。

这说法传甚广，但密诏是否存在，一直是个悬案。因为谁也没有见过，就连摄政王载沣之弟载涛也无法证实。他在回忆中说，至于传闻之说，如光绪临危拉着载沣的手，叫他杀袁世凯，又如隆裕面谕载沣杀袁给先帝报仇等等，载沣生前并没有向他说过，或许是他保密的缘故。因此，是否真有其事，他也无从判断了。