南京教案发生不是偶然的。在这之前，民间已发生大小教案五十余起。这一方面说明，西教在明末传播迅速，另一方面也说明信教和反教的矛盾在不断积累，最终不可避免地爆发来。

南京教案发生后，天主教受到了一定的打击，但传教活动并未停止，而且传教士的境遇也没有想象的那么糟，分传教士甚至继续受到朝廷的礼遇。这也可以看，明朝廷对洋教的态度还是比较宽松的。到了崇祯年间，况一步好转。此时，徐光启升任礼尚书，授东阁大学士，参机务，受到重用。在他主持历局期间，先后起用传教士龙华民、邓玉函局修历。邓玉函死后，他又奏请朝廷，聘用汤若望、罗雅谷到局任事。传教士的影响一步扩大，而汤若望也正是从这时起逐步脱颖而。此后他名望日，成为与利玛窦齐名的明末清初最著名的传教士，向有“利汤”之称。

汤若望生于德国一个贵族家，早年受过良好的教育，天资聪颖，知识广博，这为他日后来中国传教提供了便利。

明天启二年（1622年），汤若望受耶稣教会的派遣中国。这一年他刚而立之年。不久，汤若望来到北京，以其数理天算等方面的知识引起朝中人士的关注，此后他被徐光启引历局。明亡清兴，他继续主持历局工作多年，对明末清初的历法修撰作重要贡献。正因为如此，他在明末和清初都受到朝廷重视，而在清朝初年，他受到的恩更是史无前例。这也是他后来遭到杨光先和保守派猛烈攻击的原因之一。

公元1644年，即明崇祯十七年、清顺治元年，北京经历了一个极为动和混的时期。三月，李自成大军围攻北京，传教士一片恐慌，开始陆续撤离，只有汤若望一人仍留守城中。北京传教会会龙华民在撤离前曾劝说汤若望一块儿离开，但汤若望没有听从。他想尽自己的职责保护教堂和教友。事实上，他真的到了。面对闯兵烧杀，不少教民纷纷躲教堂避难，尤其是一些女教友在他的保护躲过了一场劫难。对于这些农民起义军，汤若望显然没有好，他称他们为“盗”。据他在回忆中说，他曾被带至匪首，罪名是有人告发教会藏有大量财宝，这是“盗们”最兴趣的东西。所幸的是，告发者并未得逞，那个号称“二王爷”的闯兵首领并没有为难他。他称呼汤若望为“大法师”，并把他带室，以茶酒款待。从二王爷那里回来后，他的安全便有了保证。一个月后，清军攻北京，起义军仓皇败退。临走前，他们奉命四放火，打算烧掉全城。但在大火弥漫之中，唯有天主教堂没有着火，尽“匪兵”曾七次向教堂投掷火把，但这些火把都自行熄灭了。汤若望把这一奇迹归功于信仰的力量。因为他一直都在向天主祈祷，他还把一些圣牌、圣像投到了房上，以求天主的庇佑。

五月一日，清军了这个他们曾经多次围困而无法得手的北京。明朝的文武百官和百姓在饱受起义军的祸害之后，不仅没有行任何抵抗，而且还有不少人城五里以外跪迎清军。现在，这些明朝的敌人竟像解放者一样受到了迎。清军统帅多尔衮城时，人们更是山呼万岁。

然而，对汤若望来说，麻烦并未过去。满族军队刚城不久便达了一命令，要求所有的北城居民必须在三日之限期迁，这当然也包括耶稣教会的教士。

汤若望请求得到恩免。因为一来教堂无法搬走；二来教堂有许多圣书、圣像以及供研究之用的仪设备，数量甚大，其中仅欧洲书籍就有三千卷，三天之本无法搬迁；此外，汤若望还保存了一大批印制历书的刻板，这些刻板一经移动必致损坏。他来到阁举行会议的大殿外，向新政府求。此时大殿前已跪满了人，汤若望也在人群中跪了来，等待呈递禀帖。不过，人群很快就被驱散了，卫兵们用鞭和打他们，把他们从大殿前赶走，只有汤若望被留了来。之后，一个姓范的大臣走到他的面前，接过他的禀帖，看过之后向他询问了一些况，然后便让他回去，第二天再来听候批复。

据《汤若望传》记载，他回去不久，便有两个满族官员前来实况，发现汤若望所禀俱实。第二天，批复便来了。一个官员当面向他宣读了公文，不仅准许他继续留住北城，而且还以皇帝的谕令，要求八旗各谨遵此命，不得滋扰。汤若望拿到公文，如获至宝。当即回到住所，这时糟糕的况正在发生：一些满人已经占据了教堂，正在行布置。他们俨然主人，一见汤若望就把他往外赶。可当汤若望亮上谕时，他们才一个个目瞪呆，被迫离去。此后，汤若望把那公文悬于教堂门前，这如同一把上方宝剑，从此无人再敢扰了。

汤若望无疑是幸运的，无论是被他称作“盗”的闯王军队，还是满族的新政权，都没有为难他。然而，他当时并不知，更大的幸运还在等待着他。